La Fondation LCL est administrée par un Conseil, composé de six membres : trois administrateurs Fondateurs, représentant LCL, un administrateur Représentant du personnel LCL et deux administrateurs extérieurs, personnalités qualifiées. Il détermine les axes d'intervention de la Fondation LCL, décide des projets, et veille à la bonne gestion de la Fondation. Ses six membres se réunissent trois fois par an. Le délégué général dirige et coordonne les activités de la Fondation au quotidien.